我覺得每個人看駭客任務三部曲，都有一番自己的解釋，瘋狂鑽石這個人寫的內容有很多算是自己想像解釋連貫的，與小弟我所想的有些出入，事實上與電影中呈現的許多狀況也不大相同，而另一個屬名Zion的朋友所想的則與小弟有幾分相似∼大家如果有空，可以看看∼
首先，電影中有許多地方其實寫得非常清楚，想機器進步到電影中所敘述的那種地步，有情感也不奇怪，只是我相信絕對不濫情，所以人類被拿來當作機器的能量來源是無庸置疑的，因為確實是需要……還記得動畫裡頭，機器將人類身體剖開，研究經由什麼部位的刺激，能產生多少能量的畫面嗎？
再來，以機器單純直線的思考，第一代的母體是用數學公式編寫程式創造了一個完美的世界，應該是一個無欲、無求、祥和、安全，如天堂般的世界，但是人類擁有的天性使自己並不能存在那樣的完美世界，所以第一代的母體失敗了，甚至，接連遭遇到好幾次的失敗……在這試驗失敗的期間，機器應該是由人機大戰^^||所存活下來的人類身上取得能源，所以機器沒有並未因照不到太陽而無法繼續運作……
終於，能夠不斷進化的機器也明瞭，人類是不完美的，所以必須生活在最現實不過的世界中才行，最好的選擇就是20世紀末這個時候，所以不知道第幾代的母體可以正常執行了，人類在裡頭正常的生活，並提供機器永不止盡的能源。
但是這樣的母體依然存在著一個大問題，那就是每隔一段時間，原始的程式碼就會衍生出一個大BUG（所謂的The One），這個BUG不受母體的規則控制，且擁有著與原始程式碼幾乎相同的能力，能夠控制母體裡頭許許多多的事物。
當然，單純直線思考的機器，想當然的便是直接對這個BUG進行刪除的動作，對機器而言，這個步驟真是輕而易舉啊∼可是，不對！殺掉了這個BUG，竟然會導致整個母體當機，人類資料完全損毀，造成機器能源的重大損失，而這個損失，有可能是必須截斷機器城市01裡大部份的能源……就因為這樣，又試了好幾次，才發現個BUG是不能殺的，至少，不能直接殺……
所以∼就有了一套完美的劇本流程，機器、人類各司其職（真正明瞭整個步驟的應該只有祭司與母體之父而已），引導The One（大BUG）經歷一些事情，包括已經被探員抓了五次、吞了五次藥丸、學了五次全套武術、找過五次祭司、覺醒五次、從程式販子手中救過五次Keymaker、也許親過五次資訊販子的老婆、炸過五次核電廠、進過五次母體程式之源、見過五次母體之父、做過五次進入程式源的選擇……也就是放棄過自己所深愛的女人五次……而尼歐所做的都只是第六次而已……
可是，萬萬沒想到的是，第六次的The One—尼歐太奇怪了，正所謂計劃永遠趕不上變化，前面五次即使遭遇了某些危險，差點讓戲演不下去，但是從來沒有像這次那麼誇張的……尼歐竟然把自身的愛超越了應該要保存全人類生命的責任，這是母體之父始料未及的。不過母體之父也不怕，機器是不會向人類低頭的，機器大軍摧毀錫安已經駕輕就熟，還清楚地跟尼歐表示：機器可以承受的了母體大當機這樣的嚴重損失，因為又不是沒有過，只是後續處理起來比較麻煩而已……
從這裡可以知道，以單純直線思考的機器，發現不能強迫這個BUG後，也就真的不強迫，裡頭所有的步驟都由這個BUG自由選擇，一直到進入程式源後都讓其自由選擇……
而第六代的BUG也不小心地造成了一個嚴重的問題，那就是當尼歐覺醒之時，竟然耍帥地去穿進其中一個電腦人的身體中，進而破壞了這個電腦人史密斯，但是非但沒造成史密斯的刪除，還讓本身在The One的BUG程式碼裡頭的一些程式段，複製到了史密斯的程式碼中，使得史密斯沒離開母體之外，還多產生了額外的能力……感染複製。
從尼歐選擇救崔妮蒂的那一刻起，原來的劇本完全改寫，接下來的發展完全不在計畫中——本來完成任務應該要暫時消失的祭司也沒有消失，又能夠以另一種樣子出現在母體中，並也脫韁真正地協助尼歐，期望帶來不敢奢望的和平；史密斯則開始到處肆虐，以等比級數的成長方式，努力地感染複製母體裡的人類；而墨菲斯與娜歐比努力地想把艦艇開回錫安，以為利用艦上的電磁波能夠阻擋機器烏賊大軍的攻擊；尼歐自己是漸漸發現不光能夠在母體中發揮特殊的能力外，甚至在現實世界中也能夠直接對機器的程式進行破壞，並且不斷地思考，該如何才能解就錫安人的生命……
最後，在機器烏賊大軍直搗黃龍，並造成錫安危在旦夕的同時，尼歐也想到了一個兩全其美的方法，只是還不知道行不行得通，便與崔妮蒂駕著一艘艦艇直闖機器城市01去。
到了01城市，見到了機器的主宰，雖然機器主宰嘴硬，但是心理也明瞭，史密斯將造成機器世界的極大損失而束手無策，且這個損失要比除掉尼歐而造成母體當機還要嚴重的多。尼歐趁機提出可以解決史密斯，還給機器一個健全母體的建議，但是也請還給人類能繼續生存下去的方便，這個時侯則叫機器主宰做出選擇，機器主宰的選擇就是讓尼歐賭賭看。
尼歐來到母體中，與史密斯展開格鬥，照理說尼歐應該不會打輸史密斯才對，可是尼歐知道，即使打敗了一個史密斯，也將會有數以萬計的史密斯等著要解決（老實說，我此時以為尼歐也會去感染複製史密斯成為自己，最後是數萬個尼歐大戰數萬個史密斯><|||），所以他選擇示弱，然後激怒史密斯，讓史密斯感染自己，此時機器主宰便能從中取得史密斯這個奇怪的程式碼，進而算出消除這個問題的方法，就看數萬個史密斯在同一時間被破解，而母體重新載入，被感染的母體內建程式「們」也將恢復正常運作……
那尼歐死了沒，我不知道，但是我認為是犧牲了，因為他不是母體的內建程式。
和平呢？我想Zion朋友說得對，不會是永遠的，照人類的劣根性，之後會發生什麼衝突，並不奇怪……而祭司說得也很清楚，尼歐（The One）當然會回來，他是母體程式碼的BUG耶∼一定會出現的∼
最值得玩味的是母體之父的話，他答應做到的事情一定做到，包括不想留在母體的人類也可以自由地選擇回到現實世界錫安，而且他絕對不會向人類一樣言而無信………