《林投姐》有兩個主要的版本，一個據信是由中國望夫系列故事流傳而來，而另一個較廣為流傳的則是負心漢的故事。
[編輯]望夫故事
臺灣臺南附近有一女子，因為丈夫出海久而不歸，於是每天站在海邊等待他的丈夫。經年累月之後，由於等不到丈夫歸來，最後哭死在林投樹下。而因為女子冤魂不散，當地居民常在海邊的林投樹下，看到披髮的女鬼出沒。
[編輯]負心漢故事
清末時在臺灣臺南赤崁樓西南方，住着寡婦李昭娘和她的三名幼子。李昭娘的丈夫陳明通在渡海赴中國大陸做生意時，由於海上風浪太大，船隻翻覆於黑水溝（台灣海峽）墜海而死。丈夫死後，李昭娘靠着亡夫遺產獨自撫養三名幼子。此時，丈夫生前好友周亞思（或作周阿思或周阿司）常來家裡噓寒問暖，李昭娘對周亞思也因此日久生情。但由於當時的社會道德禮俗較為保守，過往甚密的走動於是引起鄰居及熟人的非議，但由於周亞思對李昭娘立誓「若對你始亂終棄，願受天打雷劈」，李昭娘便嫁給了周亞思並將亡夫的財產交給他打理。
但周亞思接近李昭娘卻只為了她的金錢，周亞思用李昭娘大部分的財產，由臺灣買了一批樟腦及蔗糖運到香港轉售，獲得暴利之後，即回到原籍汕頭並另娶新妻，遺棄仍在臺灣等待的李昭娘。臺灣的李昭娘毫不知情，依舊夜夜等待周亞思的歸來，但周亞思卻音訊全無，李昭娘也將身上僅有的金錢用盡，生活陷入絕境，在兩個孩子相繼凍餓而死後，李昭娘最後在一個雨夜扼死幼子並弔死於林投樹。
此後，林投樹林附近常有女鬼出沒，以銀錢買肉粽，小販一取，銀錢即化為紙錢。鄉人為了地方上的安寧，於是募資建廟，供奉香火，尊稱其為「林投姐」。但立廟並不能消除昭娘心中的怨恨。某日大雨時，有個汕頭來的算命先生入廟躲雨，昭娘的冤魂因此現身相求。算命先生答應為她刻一個神主，放在雨傘下，讓她的冤魂能隨自己渡過黑水溝，到汕頭尋找周亞思。在抵達汕頭之後，李昭娘的冤魂在周亞思次子彌月之日出現，家中設宴的周亞思大喫一驚，隨即被附身，在廳堂上喃喃自責，最後拿起菜刀殺死自己的妻子和兩名幼子，然後自殺。
故事不同的版本在情節上略有出入，諸如帶李昭娘至中國大陸的並非算命先生，而是官府當差的衙役，在歌仔戲曲中的角色則是另一個被周亞思所欺騙的人。而騙財騙色的角色也有所不同，一說是李昭娘亡夫好友，也有說是地方上的地痞。立廟過程也有所不同，有說是鄉人所立，也有說是林投姐陰魂所庇蔭的賭徒還願所蓋。結局也有渡海與否的差異，但相同的是女主角均在林投樹下自縊，並化作厲鬼。