莫拉克颱風造成全國交通嚴重受創，尤其南部地區，現在台鐵西部幹線，只能通車到台南新營，東部幹線可以從台北通到台東站，南迴鐵路受創最嚴重，全面中斷，修復可能要半年，至於高鐵雖然恢復全線通車，但是每半小時才有一班。


台鐵不斷廣播列車停駛的消息，在台北車站售票口前，也打出停駛路段的跑馬燈，颱風過後，全國鐵路幾乎斷成好幾截。


台鐵部分，西部幹線只能從基隆行駛到台南新營，新營到善化就要靠公路接駁，善化到高雄站有自強號半小時一班，東部幹線部分，已經搶通台北到台東，可以正常通車，不過南迴鐵路受損嚴重，全面中斷，修復恐怕要半年，台鐵南部路段因為多座橋樑沖毀，不知何時才會修復，影響到12萬名的旅客。


不過在高鐵部分，已經全線通車，從台北到左營每半小時才一班，而且沿線路段積水，坐在高鐵上就像路上行舟，從南部搭高鐵上來的民眾都覺得怕怕的。


淹水鐵路跟著毀，莫拉克颱風不只帶來嚴重災情，也帶來交通上的不便。