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《馬關條約》簽訂以後，日本政府於1895年6月成立了一個“臺灣事務局”，日本首相伊藤博文兼任“事務局”總裁，該“事務局”統管臺灣事務。第一任“臺灣總督”樺山資紀就是由伊藤博文親自任命的，他一到臺灣，就不得不面對民衆普遍的武裝反抗和仇日情緒，樺山資紀採取了“先硬後軟”的辦法，先是企圖通過高壓政策使臺灣人民屈服，其恐怖手段極其殘暴，慘遭殺害的人常被“暴屍數日，投諸荒野’。據資料記載，在臺灣淪爲殖民地後，日本侵略者制定了《匪徒懲罰令》，僅1895年至1903年間，就有3萬3千多臺灣同胞慘遭殺害。在1902年臺灣人民抗日遊擊隊被鎮壓之後，日本侵略者著手“理藩”，即鎮壓高山族等原住民。於1910年制定《五年討伐計劃》以精銳的武裝和兵力對付只有原始武器和獵槍的高山族同胞，共進行了28次大規模武裝“討伐”，徹底鎮壓了高山族的抗日鬥爭。

　　日本於1896年頒佈了第一個專制統治的第63號特別法令，簡稱“六三法”。該法令進一步擴大了臺灣總督的“立法”授權，總督對臺灣的治安、政治、經濟有專制性的權力。其後，日本駐台總督公佈了所謂“匪徒刑罰分”，使總督擁有肆意鎮壓臺灣人民反抗運動的特別權力。據日本當時的統計，僅從1898至1902年被捕殺的臺灣抗日人士就達1.19萬餘人，戰死的臺灣抵抗志士更是不計其數。

　　日本的“皇民化運動”也是建立在一系列嚴刑酷法之上的，如從樺山資紀時期頒佈的《匪徒刑罰令》、以後的幾任總督頒佈的《臺灣刑事令》、《法院條例改正令》、《保甲條例》、《治安警察法》等，在鎮壓、屠殺和威嚇之下，日本統治者把“皇民化”政策在全臺灣鋪開。

　　日本殖民者在臺灣建立了一套十分兇殘嚴密的警察制度。警察隊伍不斷擴充，從1895年的840人增加到1898年的3375人。平均每160個居民就有一名警察，到1902年，全台警察機構除在10個廳設有警察課外，還在97個支廳派有992個派出所。警察大多由日本人充當，只有極少數被日本人信任的臺灣人可以進入警察隊伍，且基本爲低級職員。日本總督還不斷擴大警察的職權範圍，除執行一般公務外，還負責監視公共集會、審理刑事案件、取締吸食鴉片、管理戶口、徵收稅捐、管理衛生、管理土著部落等種類繁多的事務。幾乎臺灣地方的任何行政事務和臺灣民衆的日常生活都有警察介入，使臺灣成爲一個名符其實的警察社會。人民稍有不滿的表示，動輒就被加上“行爲可疑”、“違反政令”等罪名，任意拘捕監禁，輕者叛處罰金，重者施以種種酷刑直至槍斃。

　　日本殖民者把中國古代封建社會的保甲制度移植到臺灣，並加以強化。1898年的《保甲條例》規定，保甲內所有居民都要訂立保甲規約，互相保證遵守執行；如出現所謂“犯罪”行爲，“保甲內的人負有連坐責任”。保甲制度的實質，是讓臺灣人民自己支付經費、自我進行管理、自相監視告密，以實現日本殖民者“以台制台”的惡毒目的，方便日本在臺灣的“皇民化”統治。在這些殖民手段的統治下，臺灣人民被剝奪了一切自由和基本權利。

　　但即使在所謂“匪徒刑罰令”制定之後，臺灣人民仍以各種形式零星地抵抗日本的佔領。其中較大規模的武裝起義包括：1897年的陳發、黃茂松起義；1900年的詹阿瑞傳檄起義；1907年的北埔起義；1912年的林屺埔和土庫起義；1915年的西來庵起義；1930年的霧社起義和1934年的衆友會起義等等。