這個答案有很多人猜測
我覺得最合理的是:
當初祭師被史密斯同化後, 事實上祭師是故意的, 而且沒有完全被同化
這一點可以在最後對決時, 史密斯說了一些奇奇怪怪的話看出
就在neo一面倒時,
史密斯說: [等等, 這個場景我好像見過, 你在那, 我站在這, 然後我好像說了一句話,
"凡是有開始就有結束", 疑? 我剛剛說了什麼!?]
這時neo就察覺到祭師的暗示, 就故意讓史密斯同化, 但卻讓得意的史密斯掉入了陷阱
所以史密斯最後說: [不~這不公平~這不公平]
然後就靠著neo和祭師的力量毀滅這隻史密斯病毒了
(上面的對話都是靠印象打出的..有些許不同多見諒)

還有個猜測是:
先前祭師有對neo說過
在這個母體中, 所有方程式都會被平衡(這個工作是肯德基爺爺做的)
在這個基礎下, 當neo突變成可以破解母體後
會有個neo的反身來平衡neo這個強大的力量
而這個力量就是=史密斯
假設 neo= +1, 那史密斯就= -1
當史密斯同化neo後, 就等於 +1+-1=0
0就是什麼都沒有, 所以就同歸於盡了....

還有個猜測是... :
neo真的打不贏可怕的史密斯 orz
接著被同化後, 原本讓neo進去母體的機械城市的首腦
就藉著neo找到了史密斯這隻病毒的(原始碼?) (我不懂軟體 我不知道XD)
順利的坎除史密斯這個病毒了

上面都是我在網路上看到的猜測, 有什麼不合理的推測不要問我呀 ~"~

在 BBS 搜尋
可以發現許多網友的解讀
至於那個才是導演 編劇真正的意思
就不得而知了

個人認為，在 NEO 去找 Matrix 老闆時就有自爆的打算了....XD

我以為十碟行家版出來後
這都不會是問題了
看來我太天真了
行家版都沒有解謎嗎.....

PS.我都是租來看沒看過行家版

看到這些電影內容時 , 我腦中一直有一種軟體的 "逆向工程" 的想法存在.
只是不知道是不是導演想表達的 . . . Orz

反正最後母體是使用其強大的運算能力 , 透過 Neo 把 Smith 給消滅的吧 . . . XD
而為什麼母體在二三集無法控制 Smith . . . 應該和第一集 Neo 把 Smith 給消滅了有關 . . . 吧 @@

PS: 我胡謅的 . . . XXD

Oracle (其實我比較喜歡翻成「先知」) 在第二集還是第三集提到，Matrix 波士的工作就是一直致力於程式的平衡，但是偶爾會有出搥的時候，然後就會出現救世主；雖然以前也曾經出現過，不過Neo 這次情形比較特別，所以 Matrix 波士手賤要去平衡他，結果又出搥平衡到 Smith 身上，偏偏第一集就被幹掉然後被 Matrix 踢出去，所以就變成不受控制的 Virus 了....
至於 Matrix 透過 Neo 幹掉 Smith，應該是不太可能，Matrix 就是奈和不了 Smith 才會答應 Neo 的條件，然後 Neo 也似乎已早有打算.....XD

之前有上千篇的討論，可以爬一爬文

沒錯我也是覺得，先搜尋一下之前的討論，沒有的話再發新的討論。