小弟不是高手，你們不要被我唬了 ^^;
我說的那些都是一些前輩先進們整理出來的心得，小弟只是照抄而已...

那個灰色方塊的 bug，只有在流量很高的時候才會出現 ^^;
當流量很高的時候（瞬間流量 3000bps 以上，不是指定的平均流量，所以即使流量給得低也有可能會出現），高反差的地帶（黑色與白色的交界處），就會出現這種灰色方塊的瑕疵。
解決的方法有兩種，一種是提高 Compression Level，也就是 Quantizer，這樣畫面會被壓縮的較厲害，流量也會掉下來，雖然畫質比較不好，但是明顯的灰色方塊的瑕疵也會跟著消失。Nundub 的 Min quality 選項就是這麼做的，當畫面壓好以後，他會計算此一畫面的 worst block 的 PSNR 值（Peak Signal to Noise Ratio，單位是 dB），如果 PSNR 值低於你所設定的可以容忍的最低品質，Nundub 就會把此一畫面當成 Shit，重新提高 Quantizer 壓縮；對，你沒有看錯，提高 Quantizer 壓縮，把畫面壓得更爛一點 :P
如果是由於灰色方塊造成的壓縮瑕疵，經提高 Quantizer 壓縮以後，灰色方塊會因此減少，PSNR 值也就會大幅上升，直到超過你所設定的 PSNR 下限為止。

另一個方法是把此一畫面重新壓縮成 keyframe，這樣灰色方塊也會跟著消失。M4C 的作法就是這樣，比較壓縮畫面和原始畫面 Y（亮度）的差距，如果差距太大就當作是發現灰色方塊，將該畫面重新壓縮成 keyframe。
Nandub 的 AntiShit 選項也是同樣的作法，當 PSNR 值低於你設定的下限，他就把該畫面重新壓縮成 keyframe，並且提高 Quantizer 壓縮。不過它的演算法有問題，遇到一些特殊情況的時候，他會反覆不停的重新提高 Quantizer 壓縮，直到 31x 為止（MS MPEG4 所能做的最高壓縮）。結果我們最後會得到一張 31x 高壓縮的 "keyframe"
這樣的畫面當然是慘不忍睹，所以我上面才會說 Nandub 的 AntiShit 真的是 Shit。

M4C 壓出來會很漂亮，不過唯一的缺點，keyframe 會比較多，而 MS MPEG4 keyframe 預設的 Quantizer 最低只能到 4x，所以 keyframe 一插，畫面就都是晶格狀
要盡量減少 keyframe 的數量，又要在適當的地方插入 keyframe，最完美的作法，只有用 AviUtl 手動指定 keyframe + M4C 了 ^^
不過長篇動畫搞這麼大概會累死 ^^;;

還有我一直覺得很奇怪，Nandub 的 SCD 是不是有問題，我這裡他每次偵測場景變換插入 keyframe 都插不對地方，往往等到場景變換了以後的三、四個 frame，他才插入 keyframe，白白浪費了許多空間。相較之下，VirtualDub 或 Gordian Knot 的 SCD 反而更正確。
請將 Internal SCD 這個設定調成 100%，關閉 VirtualDub 內建的 SCD（Preferences 底下設定的那一個），只用 Nandub 自己的 SCD，試試看 Nandub 是不是都插不對地方？
我以前快被 Nandub 的 SCD 給氣死，根本就是亂插一通，加上如果 Internal SCD 開啟，兩個 SCD 一起插，無謂的 keyframe 爆多... ^^;
（keyframe 獨立壓縮，通常需要的流量也較大，如果 keyframe 的數目太多，其他 frame 的流量就勢必減少，造成整體畫質下降。所以有人是完全不插 keyframe 派，除非必要，否則 keyframe 能省則省）

由於以上這些原因，所以小弟都不用 Nandub 來壓動畫... ^^;