我猜測~~
這可能是音效卡DRIVER的關係。

我的情況是~~
之前的音效卡是Creative AudioPCI (ES1371)，
每次擷取影像時，
都要再次重新將 LINE IN 勾選；
現在使用的音效卡是Creative PCI128D (CT5880)，
每次擷取影像時，
就不會有上述情況！
只要在第一次設定時勾選就OK了。