我瞭解了，你的訊源是電影的 DVD，所以是「可以 IVTC 的訊源」，也就是原本是 24p，經過 Telecine 後才轉為 30fps 的訊源，所以可以做 IVTC。然後您有用 TMPGEnc 做自動 IVTC，轉為 24fps。
您有沒有試過用 DVD2AVI 的 Preview 跑一遍試試看，看這部 DVD 的 Film 比例是多少？如果 Film 率高達 99%，直接在 DVD2AVI 選「Force Film」輸出便可以得到 24fps，也就不必用 TMPGEnc 做 IVTC 了。不過這種 Film 率很高的片子，通常只有幾個簡單的 Telecine 順序，甚至只有一個順序，即使 DVD2AVI 沒有用「Force Film」輸出，在 TMPGEnc 裡面做自動 IVTC，準確率也會很高，所以交給 TMPGEnc 做也是可以。
DVD2AVI 的「Force Film」選項和 TMPGEnc 的 IVTC 作的處理不同。DVD2AVI 的「Force Film」只是判斷 DVD 內儲存 RFF 旗標，砍掉重複的 Frame，輸出原本的 24fps。假設您要壓的片子 Film 率不高，也就是原本 DVD 壓縮時沒有做好 IVTC，裡面儲存的畫面是 24 Progressive Frame 的這種型態的比例不高，那麼便不可以用 DVD2AVI 的「Force Film」輸出。而 TMPGEnc 的 IVTC 是計算畫面的「奇偶像素的差異」和「動態」，根據這些資訊來組合還原出正確的 24p 順序，所以花的時間比較久，不像 DVD2AVI 存專案檔時唰唰一下子就處理好了很快。
兩者的作法和使用的時機都不同，使用者要自己判斷該用哪一種。如果有人拿 Film 率很低的片子用「Force Film」輸出，得到慘不忍睹的結果，然後怪 DVD2AVI 的 "IVTC" 爛，那真是冤枉了 DVD2AVI 的作者。這些觀念在作者的網頁上都講得很清楚。
扯遠了~~
回歸原題，您有用 TMPGEnc 做 IVTC，所以最後輸出的是 24p，不過根據 BitRate Viewer 回報的資訊，壓出來的檔案是 29.970fps，所以判斷您應該是有選「3:2 pulldown when playback」（播放時做 3:2 pulldown）這個選項？
因為 NTSC 的電視是以 29.970fps 的速率播放畫面，所以 24fps 的影片在播放的時候要轉為 29.970fps 輸出才能在電視上顯示。3:2 pulldown 這個選項就是壓縮時以原本的 24fps Progressive Frame 壓縮，然後寫入 RFF 旗標，讓播放器在播放時利用 3:2 pulldown 的組合順序，輸出 29.970fps。這樣壓縮時是壓 24fps 無交錯的完美畫面，而不是 30fps 有交錯的畫面，少壓了 20% 的張數，等於增加了 20% 的 Bitrate，同時畫面無交錯，比較容易壓縮，所以畫質也比較好。這是明智之舉 ^^
這樣的話，TMPGEnc 用 Frame 模式就沒錯了。（以上是英文版的設定選項，中文版翻成什麼我不清楚）

現在變成是 CCE 的設定有問題 :P
您說 CCE 的版本您是用 AviUtl 做自動 24fps 補正，然後送給 CCE 壓縮，那麼 CCE 收到的就是 24fps Progressive Frame 的訊源。這樣壓縮的話，就不可以用 Field 為單位壓縮，否則壓縮效率會下降，品質會變差。根據 BitRate Viewer 的資料，您的 CCE 是用 Field DCT 和 Alternate Scan，這兩個工具都是用在交錯畫面的時候使用的，在 Progressive 畫面用這種方法，會造成壓縮率下降。
我看了一下 CCE 的使用說明書，畫質設定這個選項底下，右邊有可以讓你選擇 DC 精度（您壓出來是 9bit，要高畫質要選 10bit），和 Scan 順序的選項。Scan 順序有兩個，一個是 Zigzag Scan，用在 Progressive 畫面，另一個是 Alternate Scan，用在交錯畫面，請把預設值 Alternate Scan 改為 Zigzag Scan。這兩種掃瞄順序我看過研究報告，用錯的話兩者的畫質，以 PSNR（Peak-Signal to Noise Ratio）計算，可以相差到 1~3dB，差距非常大，所以要慎選。
在 Scan 順序的選項之下，還有一個可以打勾勾的選項叫「Progressive Frame」，請把它勾起來，這樣 CCE 就不會用 Field DCT 了。

另外我在看 CCE 的說明書中發現，CCE 有「逆 3:2 pulldown」的功能（我看的是日文版，英文版翻什麼我不知道），這個功能也就是 TMPGEnc 的 inverse 3:2 pulldown。壓縮「經過 3:2 pulldown（Telecine 的一個步驟，將 24 -> 30fps）」的 NTSC 30fps 訊源時，判斷訊源 3:2 pulldown 的順序，如果能夠反轉回去，該部分就以 24p（Film）的型態壓縮。如果無法判斷出順序，該部分就以 30fps（NTSC）的型態壓縮。也就是壓 Hybird（NTSC/Film 混合）的片子。如果判斷成功的比例越大，IVTC 率就越高，壓出來的 Film 比例就越高，當然畫質也就越好囉。