吳秉叡嚴肅表示他「支持財政健全方案，反對溯及既往」，今年3月財政部提案後，不分朝野黨派都無人反對，他與民進黨團全都支持，因此5月就在立院順利三讀通過。但他在暑期接獲陳情，發現在有爭議，所以在10月提出《所得稅法》第66條之6的修正草案。

原《所得稅法》規定，企業盈餘課徵營利事業所得稅17%後，保留盈餘若不分配，可再繳10%營利所得稅，未來再分配股東時，由於已先課過稅，股東最多可抵免相加起來27%的個人所得稅。而5月三讀通過的財政健全方案，則調整股東股利可扣抵稅額為原來的50%，即兩稅合一股利扣抵率減半制。

吳秉叡表示，此方案產生的問題是，1998至2013年的保留盈餘已先被扣課徵共27%的稅，但財政健全方案上路後，若未來企業要分配過去十多年來已被課稅的保留盈餘給股東時，扣抵稅額卻只能依新規定減為原本的一半。「我贊成新方案向『後』適用，可是如果溯及既往，就把人家預先繳納稅款可扣抵的權利給剝奪了，有違信賴保護原則和租稅法定主義。」

吳秉叡強調，他完全支持財政健全方案，但是反對溯及既往，因此他的提案訂出了日出條款，若企業要2018年前分配「1998至2013年」的保留盈餘時，仍可適用舊制。吳秉叡說，他的提案還更鼓勵還保留盈餘的企業儘早分配股利，同時適用所有股東，而非某些報導所稱少數富人。


有些人真的很好笑，國民黨圖利財團的時候一句都不吭聲。
民進黨修改法案，就說別人圖利財團。
兩黨一樣爛，票投國民黨