礙於地形所限，香港仍有約75%土地為郊區，自然生態盎然。截至2006年6月，境內有超過3,100個維管植物品種或變種，境內繁殖的陸棲哺乳動物超過50種，兩棲類、爬行類、鳥類分別過百種。當中不乏香港獨有的品種，如香港細辛（Asarum hongkongense）、香港巴豆（Croton hancei）及盧文氏樹蛙（Philautus romeri）等。另外，香港位處亞洲候鳥遷飛路線上的中途站，新界西北部的米埔沼澤區最多候鳥棲息，所屬的后海灣濕地自1995年根據《拉姆薩爾公約》列為國際重要濕地。瀕危品種包括黑臉琵鷺、白腹軍艦鳥及勺嘴鷸等亦會在香港過境。政府將部份郊區劃為郊野公園及特別地區，以保護陸地自然生態環境；亦設有海岸公園及海岸保護區保護海洋自然生態。