阿伊努人的血統偏通古斯族但身高不像，普遍有捲髮和深厚的雙眼皮，身材也比大和族矮壯。
特殊的是服飾特徵有類似台灣原住民淺色深色條紋相間的刺繡，
很像阿美族、排灣族服飾，所以有人推測是南島語族移民過去，或者是通古斯族在日本東北與北海道地區跟南島語族混種。

由於不公平的種族政策，明治時期被迫遷離北海道集中在東北居住，北海道則由日本中部或其他志願的日本人遷居去開墾，
許多阿伊努人的遺跡都被破壞，取代的是日本平民開發為牧場、漁業基地。因為跟大和人混居時間長，
祖居東北的日本人不少帶有阿伊努人的特徵，不過日本超過三五代以上的傳統家族都不喜歡跟疑似有阿伊努血統的人通婚。
十幾年前英國人文學家做過類似報導(National Geographic Magazine，小時候我家有一本雜誌就是講這件事)，
有一位日本大家族之女嫁給阿伊努後裔，當時家族很反對，不過那位阿伊努後裔是漁業大公司老闆，所以還是嫁過去了。