中日釣魚台事件讓釣魚台群島主權爭議再起，外界關心馬政府這次所持的立場，馬英九和媒體餐敘時私下指出，釣魚台是在甲午戰爭後，日本人才竊佔，事實上歷史也是這樣，這次政府表態不只適當也正當，過去申張主權，也比日本、大陸都要早。

　　這次中日釣魚台事件爭議期間，“外交部”也兩度重申釣魚台為固有領土，民間也有人發起保釣運動，9月14日還發生台灣漁船遭日方海上保安廳7艘巡視船干擾，“外交部”也向日方提出抗議。

　　馬英九17日中午與媒體餐敘，當他逐桌和記者閒話家常時告訴記者，當年（1971年）發起保釣運動，學生發動示威，事後一位“外交部”父執輩的官員對他說，學生示威還是有用，這對於政府在跟日本人談判的時候很有幫助，可見輿情蠻重要的，所以那一次的保釣運動還是有用的。

　　他說，實際上來講，美國於1972年沖繩歸還協定，認為日本人還有殘餘主權，但我們（“中華民國”）這邊不承認，後來美國改正說只是交還行政權，主權的問題要你們自己（中日）去討論，美國到現在都還是這個意思。

　　保釣人士指美日安保條約已將釣魚台列嶼歸為日本所有，馬英九指出，美日安保條約認定很模糊，因為日本人說釣魚台是琉球的一部分，但我們說不是，我們認為釣魚台是在中日甲午戰爭後，日本人才竊佔，事實上歷史也是這樣。

　　他表示，1894年11月以前（甲午戰爭），清廷在海上、陸上都戰敗，日本的內閣會議在1895年1月通過將釣魚台劃入日本版圖，雖然是在4月17日簽訂馬關條約之前，但實際上很清楚的是在清廷戰敗之後。

　　他指出，日本過了7年後（1902年）才公布，完全違反日本政府作業的方式（明治憲法中規定，法令必須經過天皇飭令通過才可以生效具有效力，但關於釣魚台的事項，日本天皇並沒有發佈飭令，因此不具有法律效力）。

　　馬英九說，日本政府在兼併琉球時1875年先發布敕令（日本勒令琉球停止對中國的朝貢關係），等於總統府公報，這都很清楚，“所以我們適當的表達絕對是正當的，而且比日本、大陸都要早”。

　　馬英九就讀台灣大學法律系時，聽完丘宏達演講後，引發研究釣魚台國際法問題的熱誠；1970年美國宣佈將琉球及釣魚台列嶼交給日本，引發美國的台灣留學生不滿，他於1971年在台參與保釣運動；後來留學美國哈佛大學的博士論文《怒海油爭：東海海床劃界及外人投資之法律問題》，就是對釣魚台問題的研究。

　　留學畢業返台後，馬英九將該論文中的若干資料取出，結合聯合國剛頒佈的《海洋法公約》，再加入新近的研究與看法改寫為《從新海洋法論釣魚台列嶼與東海劃界問題》專著；2003年他擔任中國國際法學會理事長，也曾對釣魚台主權問題舉行深入座談，這位“保釣急先鋒”、“熱血青年”的稱號，一點也不假。