三頭龍是未來的人類回到20世紀帶來的產物
原因是日本在未來經濟強盛,控制了全世界的經濟
而其他的國家決定回到過去改變歷史
於是便派一組人馬回到20世紀,騙20世紀的日本人說
日本會被哥吉拉破壞,所以要來拯救日本
便帶這三頭龍的原型（三頭龍的原型是三隻單頭的小龍）
回到二戰時期,哥吉拉遭到原爆的島嶼

（哥吉拉原本是一隻普通暴龍,後來受到原子彈污染來變成怪獸）
未來人把倒尚未受原爆污染哥吉拉移至其他島嶼,把三隻單頭的小龍留在島上
三隻單頭的小龍後來受到原爆污染,而變成三頭龍

而未來人有在三頭龍植入晶片,所以三頭龍會聽未來人命令
便開始破壞20世紀的日本,結果好死不死的這時候哥吉拉出現了
（原來哥吉拉被移至新島嶼在後來被人傾倒核廢料,哥吉拉好死不死的又受到感染變成怪獸）

打敗了三頭龍,但也開始破壞日本,未來人見狀三頭龍雖然被打敗了
無法破壞日本,但哥吉拉也開始在破壞日本,也算是達到目的了
便回到未來
這時未來人中有一位是日本人,不願見日本被哥吉拉破壞
於是便留下來協助20世紀的日本人改造斷了一個的三頭龍
改造後三頭龍也成功擊退哥吉拉

故事沒記錯大致是這樣