1864年7月，長州（如今的山口縣）在對京都的幕府進攻時，背後受到了薩摩藩和會津藩的聯合進攻．這就是當今所說的禁門之變．之後，長州藩被認為是於朝作對，受到了幕府的攻擊．
　　　這時候的坂本龍馬所感到的是如果長州藩和薩摩藩這兩個大藩如果不聯合起來的話，討伐幕府是不可能的，於是，和他的盟友中岡慎太郎一起奔走在兩個大藩之間，進行了斡旋活動．
　　　在１８６５年的年底時機成熟，長州藩的統治者桂小五郎到京都去見西鄉隆盛，坂本龍馬也於１８６６年的１月抵達了京都．當時的桂小五郎雖然得到了西鄉隆盛的隆重接待，但是同為兩大藩的主人因為各人的面子都很大，沒有能夠對結盟一事進入深入的談判．坂本龍馬對他們談及了，現在的日本處於危機狀態，如果現在的分裂狀態繼續的話，只會成為鷸蚌相爭，得利者當是美國等西方國家．
　　　終於，雙方被龍馬所說服，在１８６６年１月２１日達成了薩長同盟．坂本龍馬成了這個歷史時刻的見證人． 　　　
日本的第一對渡蜜月的夫婦

　　

　　　坂本龍馬的妻子叫龍，兩人的關係的發展源於一場對龍馬的暗殺事件－－－寺田屋事件．在坂本龍馬促成薩長同盟後，２３號回到了京都的住宿的地方，晚上還在二樓和另外一個人三吉慎藏夜談至深．這時候該住宿的主人的養女龍突然發現外面有異常情況，正在洗澡的龍，不顧自己沒有穿衣服，匆匆跑到樓上告訴了坂本龍馬．果然外面是包圍坂本龍馬的伏見奉行所的人．坂本龍馬和三吉慎藏匆匆拿上槍闖出去，殺開一條血路，逃跑了．後來龍馬在薩摩藩官邸養傷時，得到了龍的很好的看護，龍馬很感激龍，兩個人也就走到了一起，成為了夫婦．
　　　　不久，他們得到了遠在 薩摩藩的西鄉隆盛和小松帶刀的邀請，兩人開始了日本第一次夫婦的蜜月旅行．兩人於２月２９日經過大阪然後乘船三邦丸，３月７日到達了下關，然後繼續出發，３月１０日到了鹿兒島在吉井幸輔的導遊下，遊玩了日當山，鹽浸和霧島等地．
船中八策

　　

　　離開鹿兒島，坂本龍馬又領著龍來到了長崎，到了長崎後，龍留在了那裡，學習月琴．而龍馬則率領著龜山社中參與了長州的海軍和幕府軍隊的戰鬥，戰後，坂本龍馬遇到了對他人生影響很大的後藤象二郎，後藤象二郎除了免除他的二次脫藩罪之外，還替他付了購買船的錢款，並委任他為土佐海援隊的隊長．
　　次年的１８６７年，坂本龍馬由海員隊的文書長岡謙吉陪同，同後藤象二郎同乘土佐藩船"夕顏"離開了長崎，在去京都的船中，龍馬向後藤象二郎提出了自己的看法，也就是：趁和平時期把政權返還朝廷．後來又文書長岡謙吉整理後，就成了後來所說的 "船中八策"　
大政奉還

　　就在坂本龍馬向後藤象二郎提出了自己的看法，也就是：趁和平時期把政權返還朝廷．就是後來所說的 "船中八策"的時候，最後的幕府將軍德川慶喜也接受了把政權還給朝廷的想法，並且與１８６７年１０月１４日向朝廷上表大政奉還之意．這時，討伐幕府派的薩長兩藩和政治家岩倉具視共同策劃，從朝廷那裡拿到了討伐幕府的秘詔，並且聚兵京都，顯示武力．１２月９日王政復古大號令頒布，新政府體制啟動．
近江屋遇刺身亡

　　大政奉還實現了，坂本龍馬開始了忙碌的政務．借用了河原町的一個醬油商的家﹔近江屋做了自己的宿舍．但是，自從寺田屋事件以來，身邊就不斷有刺客出現．為了防备意外，龍馬在近江屋的院裡的倉庫裡建造了密室，並建造可供逃跑的路以備萬一．但是還是沒有躲過命運的安排．１１月１５日龍馬生日這一天，坂本龍馬有點感冒的感覺，就從藏身的密室移到了正房的二樓．到了傍晚，陸援隊長中岡慎太郎來訪，兩個人談話談到了很晚．到了晚上，有人自稱十津川鄉士來訪，往二樓引路的僕人藤吉轉身上樓梯時，背從後面用刀劈倒．聽到了藤吉倒地的聲音後，說到：怎麼搞得!　話音剛落，就被兩個跳進來的人一刀劈中，中岡慎太郎也遭到了襲擊．坂本龍馬當時被砍三刀，當即死亡，而中岡慎太郎雖然被砍１１刀重傷，也在兩天後死亡．
　　被暗殺的時，坂本龍馬３３歲，中岡慎太郎３０歲．
　　很有意思的是，在龍馬被暗殺後盡２４天，王政復古的號令發出，日本進入了明治維新的時代．