健保藥價全國醫療機構都適用，只有一個版本。

基本上，健保價絕對比醫院的成本高，別聽藥廠的說詞，進價會比健保價高的，只有社區健保藥局，因為量沒有那麼大，也沒辦法控制用藥量，所以也不太可能備太多藥，甚至不敢有庫存，而且某些藥商甚至故意刁難健保藥局，有少數的藥品會用高於健保價的價格出給藥局。

現階段，社區健保藥局還是有藥價差可賺，但是因為大部分的藥局，接單量少的可憐∼ 所以根本是杯水車薪，根本沒有佔藥局營收多少比例。調劑一張處方箋的調劑費也沒有多高，說是一張有48塊，但是現在因為總額給付，多半都要打八折，然後還沒有包含藥袋、印表機、申報軟體授權費、網路費、IC卡讀卡機連線費、...等等耗材的費用。

如果想要有大量、穩定的處方量，現在的情形多半必須接受診所醫師或者醫院的條件，把藥價差吐回去給他們，有的甚至要幫醫生賣健康食品 因為醫生的想法是，處方是「他的」，是他叫患者到你的藥局拿藥，你才會有處方可接。然而在這樣的「合作」關係下，藥師根本也不敢對醫師的用藥有所置喙∼ 對抗X素、類X醇、鎮X劑之類的東西也只能睜一隻眼、閉一隻眼∼