內湖線最初規劃時即定位為木柵線的延伸，同樣採用中運量系統（膠輪路軌系統），大部分為高架路線。但由於木柵線不斷發生試車事故，內湖民眾對於中運量系統的排斥感高漲，因此堅持要求變更設計，改採高運量系統，以及興建地下化路線，並透過市議員提出這方面的訴求。台北市政府捷運工程局則基於路線佈設考量，以及興建成本可能激增、內湖地區道路狹窄施工困難等理由，認為變更設計一事窒礙難行，雙方並無共識。之後台北市議會通過決議，凍結相關預算，要求重新評估替代方案。

經過多次重新評估，以及與地方長期溝通後，儘管捷運局曾提出一些替代方案，但受限於經費因素，原定計畫似乎仍較為可行。擔心內湖線通車之日遙遙無期，而要求儘速妥協以利動工的聲音也開始浮現。加上木柵線通車後不再發生事故，使得內湖民眾對於中運量系統的接受度有所提升。不過，仍有超過半數的民眾堅持以地下化方式興建。捷運局則表示經費不足，只能興建高架路線。

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