就小弟的見解而言。

「我思故我在」是指第六意識造作思考，它背後的基礎是「執持有我」的第七識（末那識）。因為「恆審思量」，所以生出第七識。
所有的業，均是藏於第八識（阿賴耶識）之中。

第八識只是「恆轉」，恆常轉動，可以視為靈魂嗎？我也不知道。

至於為何會生出第七識，楞嚴經是說「覺明為咎」，有「覺明」，便會去分辨何者為明何者為暗，有分別心，便會建立人我之別，就像太極動而生兩儀一般。

所以，笛卡兒的「我思故我在」，是可以包含在唯識之中的。

Ps:第八識也稱阿陀那識：「阿陀那識甚深細，我於凡愚不開演，一切種子如瀑流，恐彼分別執為我。」

Ps:三法印是「諸行無常、諸法無我、涅槃寂靜」，再加上「有漏皆苦」可稱為四法印。