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南投段起於國道三號之中橫系統交流道，往東經南投縣草屯鎮、國姓鄉後在埔里鎮與台14線相交，目前全段施工中。國道六號未來預定將穿過中央山脈延伸至花蓮吉安，與國道五號連接，但因工程難度頗高加上生態保育的爭議，此段工程仍未確定施工與否。