用VirtualDubMod合併試試
不過我合併TS也改用TSSplitter...

當然如果影片本身不正常的話可能合併出來的也會不正常吧？
建議是先將那有問題的影片修正，像是重新轉檔或把聲音和影片獨立出來看哪個有錯誤,,,