我想起我在前年時有認真去找過備份軟體
有用過以下軟體

SyncBack
資料備份精靈
Simply Safe Backup
自動檔案同步備份 Second Copy 繁體中文版

最後我是選用SyncBack
因為她可以備份至遠端FTP站台
至於你說的只備份某些資料夾
這些應該都可以符合你的需求
不過最好你還是上網找一下資料
我只是提供一個方向給你而已