foobar2000 (fb2k) v0.9 之後的版本
其右鍵 Convert 有新增一項功能 「Convert to images and cue sheet」
這就是你要的「合併 & 產生 CUE」

前提是…你要設定好 pref. 裡的 Converter 參數

或著先用 fb2k 轉成 wav
再用額外的軟體轉成 ape 或 flac 之類的