我去找了新版的mkvtoolnix(1.7.0)來試試看
意外發現以前常用的把AVI封裝的H.264視訊跟音軌用MKV封裝起來的手法現在終於被mkvmerge建議不這麼用了

如果你這麼作，它會顯示訊息建議你先把AVI封裝的H.264用avi2raw提取出RAW視訊流(.h264)出來
然後用mp4box封裝成.mp4，接著你再把.mp4跟你想要的音訊用MKV封裝起來，漸漸的也要讓大家都接受H.264不應該用AVI封裝的觀念了
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回到正題，如果按照正確的程序用MKV封裝H.264，也就是上面提到先用.mp4封裝視訊再跟音軌合併成MKV....
那你用mkvextract分離視訊跟音軌時，會分離成RAW形式，也就是H.264的部份是.h264而AAC的部份是.aac
至於樓主分離出來的怎麼變成.ok .......這我就莫宰羊了

anyway，如果說分離出來的.ok檔是H.264 RAW的話，那可以直接改成.h264，這是一樣的，但不能直接改成.avi
同樣是H.264封裝，APPLE的.mov可以直接改成.avi或是.mp4，但RAW的.h264是不能直接改成封裝格式的.avi的，這要曉得

如果是要把H.264編碼的影片轉成DVD(MPEG2)
我的作法是先把他們分離開來，比如樓主這個MKV檔，分離成.h264跟.aac
然後再用mp4box把.h264封裝成.mp4，然後用Avisynth的DirectShowSource餵給MPEG2 encoder，像是TMPGEnc、MME或是ProCoder2
而音訊再轉成AC3，剛好板上最近有一串AAC轉AC3的討論