今天看完電影後，最不能理解的是萬磁王本來跟X教授一樣，都是想要幫助變種人的，但是在X-3中，萬磁王變成標準政客型人物─煽動變種人跟人類對抗，然後甚至犧牲他們，不管是魔形女或是最後決戰中首批衝鋒的變種人，變成只是萬磁王利用的工具，這實在是與之前兩集建立的性格不符。

另外最後決戰萬磁王的戰術也太差了點，有那麼多手下都不會用。費那麼大勁移金門大橋幹嘛？隨便拆兩台貨櫃弄個鐵皮飛過去不就得了，搞的聲勢浩大眾人皆知的。還有面對軍隊的解藥槍，有震波女那招不先用，反而派一堆人先去當替死鬼，不合邏輯。找小鬼的人選也不對，既然第一目標是他，那麼多派幾個變種人過去應該也不是問題，結果只派了個沒大腦的肌肉男。最誇張的是空擁有強大地圖兵器不會用，讓她一直在旁邊納涼，等到自己都被解決了才在那裡喊：「我到底做了什麼？」唉~那麼笨被解決也是應該的。

最後就是某網友提到的，這次最後對決理由不夠充足。第一集時，萬磁王的機器會害死一堆人，打是應該的。第二集，不是變種人就是一般人全滅，第三集，萬磁王的目標只是阻止人類繼續製造解藥，好像沒有那麼大的理由去打那一場，有點像是純粹為製造影片****而戰的味道在。