我也曾思考過這個問題，可能的方案。

雙硬碟+CobianBackup

只是無法同步刪除不要的檔案，這一點似乎是無解的了。

我的作法：
第一顆實體硬碟分割成C與E
第二顆實體硬碟不分割，作D。
C碟是系統碟。
D碟是資料碟，含一∼兩份C碟的Ghost檔。
E碟是所有D碟資料的備份(不含Ghost檔)，設定CobianBackup在背景同步更新。

如此作法，如第一顆硬碟掛點，可用D碟上的Ghost檔回復到新硬碟上；如第二顆硬碟掛點，可用E碟回復資料。請參考。