我碰過類似情形
對 h.264
ffdshow 似乎有裝解碼器, 但未作適當的關聯, 所以可播但TMPGenc不能轉
尤其對音訊部份更是常見, 猜測是 direct show 或 direct sound 方面的設定不完整
改裝暴風看看
這是我的經驗, 參考