惡戰結束，天色漸白。

一行人回到地面，塔部表示，只要他們握有圭這個證據，公安部就不敢再對特機隊輕舉妄動，但要讓圭不再被人奪走，最簡單的方式就是殺掉她。伏不敢置信地看著教官，塔部對他說：「我希望你把這件事做個了結。」圭撲進伏的懷裡，一面流淚，一面大聲背誦圖畫書《小紅帽》裡小紅帽對大野狼的問句；一直沒什麼表情的伏，臉上開始出現了難以控制的情緒──最後的這一槍，開？還是不開？

這不只是個單純的男／女關係故事，也是獸／人之間的故事。

伏與圭開始交往之後，伏經常夢見自己重回追尋阿川時的下水道，但追蹤的對象卻悄悄地從阿川變成圭；夢中的圭站在一扇門後，對伏說：「這裡你不能過來」，當伏推倒了門，從下水道各個通道出現的狼群，則一擁而上，將圭撕裂。在伏與圭的情愫暗暗滋長的時候，伏不但已經知道圭的真實身份，也在潛意識中預見了獸與人之間不樂觀的未來──人獸之間有道不應跨越的門，倘若跨過這扇門，人的性命就會被獸的獠牙利爪終結。

獸／人之間的關係，是《人狼》故事主線隱藏的另一個層面。

《人狼》當中所謂的「獸」，指的自然是「人狼」──套句塔部教官的話：「我們並不是披上狗皮的人，而是穿上人皮的狼」。特機隊員穿上強化裝甲服之後，並不是單純地成為一頭執行國家機器任務的忠犬，相反的，他們這時才顯露出狼的面貌：為求自保不擇手段地戰鬥，以及人類世界無法規範的群族向心力。伏無法瞭解阿川那種為了所謂「理想」而捨命自爆的舉動，與圭的交往也讓他漸漸往人的世界靠攏，但在他骨子裡還是匹狼的情況下，面對難以抉擇的最後結局，也就變得無法避免。

除了男女主角之外，邊見敦是另一個見證獸／人關係的角色。

邊見本來是伏在養成學校的唯一好友，但後來卻中途退學而被分發到公安部，成為室戶文明的直屬手下。邊見很明白伏的情緒問題，於是不但提供阿川七生的資料給伏，還打算利用圭讓伏掉進自己設下的圈套。因為這層背叛的關係，伏在下水道中無情地追逐已經受傷的邊見，並且毫不留情地將其射殺；邊見臨死前的疑問，也明白地顯示，他完全無法明白獸群的生存規則。

貫串男／女及獸／人主線的重要象徵，是《人狼》中的「小紅帽」。

根據押井在訪談中表示，沖浦要求他寫一個關於男人與女人的劇本，而押井自己則想說一個關於野獸與人類的故事，於是他想到「小紅帽」這個重要的象徵。在伏與圭初次見面的時候，圭送了一本《小紅帽》圖畫書給伏，這本《小紅帽》與大家熟知的格林兄弟版本不同，比較近似於更早的法國的 Charles Perrault 版本──在這個版本中，最後並沒有獵人救出小紅帽及奶奶，而是以小紅帽被大野狼吃掉做結。

《人狼》當中的《小紅帽》故事，大綱是這樣的：

小紅帽很想念母親，但人們讓她穿上鐵製的衣服，並且告訴她：要把衣服穿破了才能去見母親；小紅帽於是拼命地磨，終於磨破了鐵衣，帶著食物經過森林，要去見母親。她在途中遇見了大野狼，狼問她要走哪條路，並且從另一條路先到了母親家，殺害了母親，然後扮成媽媽的樣子躺在床上。小紅帽到了母親家，表示腹飢與口渴，野狼指使她去吃了肉、喝了酒（事實上是媽媽的肉和血）；吃飽喝足的小紅帽想睡覺，於是躺到床上來，問野狼：為什麼媽媽的眼睛那麼大？為什麼媽媽的耳朵那麼大？為什麼媽媽的手那麼大？為什麼媽媽的嘴那麼大？然後就被野狼吃掉了。

在《人狼》一片當中，常常看得見「小紅帽」的身影。

除了圭送給伏的《小紅帽》圖畫書之外，警備部也將這些運送炸彈的未成年少女稱之為「小紅帽」�***子開始沒多久、阿川從游擊隊員手中接過炸彈背包時，隊員還同她說：「這是給祖母的禮物」；阿川穿著紅色的連帽外套，圭第一次與伏見面時穿著紅色的披肩，後來也改穿紅外套，都暗暗指涉自己也是「小紅帽」的成員。不過，除了這些直接的象徵之外，劇中圖畫書中這個奇怪的《小紅帽》故事，恰好可以對應許多《人狼》當中的設定。

最明顯的，自然還是阿川七生與雨宮圭這兩個「小紅帽」的成員了。

未成年者在體制中受到更多的保護，自然也受了更多的限制，她們執意脫去限制的鐵衣，朝自己的夢想前進，夢想卻已經為野獸所毀，少女也因而失去性命。這裡的野獸，指的既是阻止激進團體的特機隊，也暗指這些激進團體的成員──革命時的熱血澎湃，其實最容易被有心人士所操控，當夢想已經質變成為野獸，少女們於是成為祭品。阿川七生自爆前震撼伏一貴的，除了絕決之外，還有那種張皇、不敢置信的眼神；也許在炸彈爆炸的前一瞬間，阿川才想到：自己或許根本不是為了理想而犧牲的？結局到來前，圭在伏懷中大聲背誦著小紅帽的問句，問的則是：為什麼獸／人之間，非得要有如此巨大、不可跨越的鴻溝？