華碩的FAQ:
VIA (威盛) 8237/8237R 南橋晶片不提供SATA-II 硬碟向前相容至 300 MB/s. 此硬碟可能在開機時無法被偵測到. 要安裝SATA-II硬碟, 必須透過硬碟的跳線帽設定, 將硬碟設定在150MB/s 傳輸速度. 請參考以下從硬碟廠商取得的一些跳線帽設定的範例, 或請至各硬碟廠商網站取得最新資訊.

至於原生模式或相容模式性能差異，沒必要研究差多少，個人感覺差不了多少，因為單碟SATA沒比PATA/IDE快多少，有原生模式的當然就用阿，軟碟機是很容易搞定的東西，如果你認為相容比較方便的話就算了，要說SATA 2降格為SATA是不得已為了硬體相容性(其實腳都長的一樣，比INTEL好，Intel CPU同腳位可能不同核心接腳定義根本不同，想調還沒門呢)，還要降格以求的話乾脆去買PATA/ATA 100~133的就好了，不用在那兒改半天。