反敗為勝的方式, 網路上有好幾種說法
小弟較相信的版本, 是把Smith視為病毒
而這病毒因為感染了整部電腦(也就是Matrix)
所以無法解毒, 唯一的方法, 就是要用另一部未受感染的電腦
取得病毒碼, 才能寫出解毒程式

所以機械大帝以Neo為媒介
當Smith將手插入Neo體中時, 立即取得了病毒碼
然後用了另外未被Smith感染的電腦寫出解毒程式
再透過Neo回傳解毒程式, 回復整個Matrix