針對樓主的問題做以下的回答：

1.這個錯誤畫面不會影響程式執行，這個錯誤是告訴你無法使用下方中間的 RealView 功能來做影片播放預覽，原因是 DVDMaestro 的 RealView 功能必須搭配 QI 的 DVD 播放卡，或是使用 ELSA 的 DVD 播放軟體才能使用，如果以上兩個都沒有，就會出現這個錯誤訊息，就是不能 RealView 而已，其餘都正常。

2.沒有圖沒真相......開玩笑的啦！那是分離單一 PGC 對應 VOB 影片時常會發生的現象，因為 *.m2v 抓到了 End Code ，就以為影片時間到此為止，用 PowerDVD 之類的軟體仔細看，其實影片都在，只是因為時間長度不對的關係，後面影片可以看，但時間會嚴重不對（當然做出來會有問題），請使用 pulldown 軟體，把影片跑過一遍即可，不影響畫質，但會重新校正一遍，如果還不行，再說其他的辦法。這種情形在 *.ac3 或 *.dts 目前沒遇過會發生的，只在 *.m2v 發生過。
pulldown 的語法：pulldown 原本影本名稱.m2v 新建立影片名.m2v -nopulldown -drop_frame false

3.關於章節資訊錯誤的部分，這是先前講義的更正內容（首度發佈）：
有時候抽取章節的資訊和原版DVD裡記錄的章節數會有些微差距的情形，這種情形發現可能會存在於單一 VOB 對應多 Cell 的影片中，切換至不同 VOB 時，前兩個 Cell 時間距離過近，導致 ChapterXtractor 只取其中一個，此時可能要考慮使用 Ifoedit 進入原先主影片的 *.ifo 檔，看看差別在哪些地方，以手動的方式新增章節和修正時間，後來套用主選單時，才不會發生對應到錯誤的 VOB/Cell ，播放到錯誤的章節。
讓我們瞭解一下為什麼會發生抓取章節資訊錯誤的原因，單一PGC對應多VOB的影片，在切換到不同的 VOB 時，會有一個章節結束的時間點設定，不過這個設定點在播放時會忽略掉（因為設定為略過），而 ChapterXtractor 只抓取前面的章節資訊，自然就會跳掉這個時間點，如果 compile 主影片完後就結束的話，那什麼就都沒差，不過如果還想套用原影片選單的話，就會發生章節錯亂的情形，因為 VIDEO_TS.ifo 檔並不知道有些時間點已經沒了，所以會抓取下一個時間點往前補上，導致後面的章節設定錯誤。所以使用 ChapterXtractor 抓取完畢後，請用記事本開啟 *.chp 檔，對照一下時間有無錯誤，如果有漏掉的時間點，馬上以人工方式補齊（時間資訊可參考 ifoedit 右側所看到的累計時間），這樣章節就不會再出錯了！如果時間資訊和 Ifoedit 所見到的資訊有所差距，要不要修正就看個人了，原則上誤差會在一秒內，並不會影響到觀賞樂趣。

補充：這種多 PGC 、多 VOB 和多 CELL 互相對應來對應去的影片， DVDMaestro 可以做，但切章節一定要好好切，並且將 *.ifo 修改對應到正確的 CELL 上，這樣播放絕對不會有問題，有問題可以再問，有機會的話還可以當場示範（請私下 PM 聯絡，約四小時可完工）。

應該也有其他軟體可以做，以上僅就 DVDMaestro 部分回答，不代表這是唯一方法。