這個答案有很多人猜測
我覺得最合理的是:
當初祭師被史密斯同化後, 事實上祭師是故意的, 而且沒有完全被同化
這一點可以在最後對決時, 史密斯說了一些奇奇怪怪的話看出
就在neo一面倒時,
史密斯說: [等等, 這個場景我好像見過, 你在那, 我站在這, 然後我好像說了一句話,
"凡是有開始就有結束", 疑? 我剛剛說了什麼!?]
這時neo就察覺到祭師的暗示, 就故意讓史密斯同化, 但卻讓得意的史密斯掉入了陷阱
所以史密斯最後說: [不~這不公平~這不公平]
然後就靠著neo和祭師的力量毀滅這隻史密斯病毒了
(上面的對話都是靠印象打出的..有些許不同多見諒)

還有個猜測是:
先前祭師有對neo說過
在這個母體中, 所有方程式都會被平衡(這個工作是肯德基爺爺做的)
在這個基礎下, 當neo突變成可以破解母體後
會有個neo的反身來平衡neo這個強大的力量
而這個力量就是=史密斯
假設 neo= +1, 那史密斯就= -1
當史密斯同化neo後, 就等於 +1+-1=0
0就是什麼都沒有, 所以就同歸於盡了....

還有個猜測是... :
neo真的打不贏可怕的史密斯 orz
接著被同化後, 原本讓neo進去母體的機械城市的首腦
就藉著neo找到了史密斯這隻病毒的(原始碼?) (我不懂軟體 我不知道XD)
順利的坎除史密斯這個病毒了

上面都是我在網路上看到的猜測, 有什麼不合理的推測不要問我呀 ~"~