最好是分離。。
曾經遇到過有好幾部日劇(大陸那邊來的。。)
不事先轉出音軌來最後檔案會沒聲音(該Real Audio格式無法辨識。。)
吃過幾次悶虧後，就乖乖地搞分離了。。
基本上也不會比較慢，你餵給TMPGEnc Plus v2.54。。
它還是得把Real Audio部份再解碼一次(比EO Video慢非常多。。不如用EO Video來先解開來得有效率)
先用比較快且正確的軟體去解開符合規格的Wave來，效率好得多。。
分離的這方式，最常用在RM轉AVI上。。
(RM轉AVI，有分離處理的跟沒分離的速度有相當差距。。影音分離有時還可以避開一些問題。。)

還有
TMPGEnc Plus v2.54不是萬能的。。(後面的小版本序號忘了。。)
還是不少RealMedia的Audio部份無法正常轉碼。。
(吃幾次悶虧後就不玩這版了。。)

曾經遇到過一個特例是銀狼怪奇
那個來轉都沒用，都會發生影音非同步。。(且很糟。。不是快N秒就是慢N秒。。根本沒辦法用調整時差的方式去修正)
只能單純用EO Video v1.36去轉換過。。(轉完後一概正常。。神奇。。)