個人的感覺是.... 要回溯第一集結尾和第二集開頭

因為第一集最後Neo覺醒,把Smith爆掉了
Smith也從此和Neo一樣不受Matrix的控制~ 而Neo會飛,Smith則有同化的能力

而救世主只是一個預設程式... 幫忙把排斥Matrix的人集中到Zion... 就像把不要的東西集中到資源回收筒

等到一定時間就會清除Zion,並且把Matrix給重新開機

但是錯就錯在Smith不受控制,把電腦用的一個又一個"生物電池"給同化成自己
要是不阻止,就會透過像Train Man那種人把病毒傳送到機械世界...

Neo最後就是和機械大帝達成協議,用消滅Smith來換人與機械的和平