單就電影情節的敘述
或許在母體裡就是存在著將neo中和的力量(smith)
但這些要成立

都得在母體裡面進行


回到現實世界
neo以肉體去面對主機的時候
在機器章魚包圍的情況下(這時我想就算neo有超能力應該也無能為力了吧-不然他直接回錫安擋所有的章魚跟鑽頭就好啦)
為啥主機要接受neo的條件讓他試

~第三集對白節錄~
1036
01:39:26,102 --> 01:39:28,249
請讓我說完我要說的話

1037
01:39:28,251 --> 01:39:30,888
然後你想怎樣，我都不會阻止你

1038
01:39:38,331 --> 01:39:40,827
史密斯這程式失去控制

1039
01:39:41,360 --> 01:39:44,249
他很快就會侵襲機器城市

1040
01:39:44,819 --> 01:39:46,182
你阻止不了他

1041
01:39:48,432 --> 01:39:49,361
我可以

1042
01:39:49,666 --> 01:39:51,041
我們並不需要你

1043
01:39:55,125 --> 01:39:57,115
真的嗎

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01:39:57,189 --> 01:39:58,489
那你大可馬上殺了我

1045
01:40:04,138 --> 01:40:05,685
你要什麼?

1046
01:40:07,514 --> 01:40:08,444
和平

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01:41:13,373 --> 01:41:15,620
萬一你失敗呢?

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01:41:17,641 --> 01:41:18,677
我不會失敗

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01:41:40,616 --> 01:41:41,703
尼歐

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01:41:42,810 --> 01:41:44,170
他要替我們一決死戰

所以基本上主機沒法控制已經失控的smith

此外
主機還有另外一項終極武器 就是reset
但這會造成source至少314秒的空窗期
主機完全無法反抗(第二集後段keyman說切斷主電源時 備用電源會啟動 中間的時間314秒就是系統切換電力供應的時間)
所以主機沒有選擇這個方式來清除已經失控(當掉)的smith程式
而讓neo(主機對smith的偽裝)進去母體 面對smith 藉由smith同化neo的同時 順便結束該程式