因為許多新硬體(例如主機板,顯示卡)或新軟體(遊戲)並不重視與win98se的相容性,所以裝win98se難免會遇到一些問題,例如效能低落之類的...

nvidia的顯示卡與nforce2晶片組就是這樣的例子(雖然驅動更新的很快 )

不過我也不喜歡授權碼必須向ms索取的設計,難保ms過了幾年之後心情不好而終止這項服務

使用win98se,除了第三方的防火牆軟體一定要灌之外,也要小心惡意的****程式...使用ie瀏覽器的話,也只有5.0x堪用而已,5.5和win98se的相容性已經變的很糟了...不過使用者在安裝win98se時就可以直接選擇要安裝哪些元件,winxp就沒這麼自由...

win98se也可以使用160GB的大容量硬碟,但是它的工具程式已經沒辦法把這麼大的硬碟直接割成一大塊後使用,所以使用時不得不分成幾塊...

此外,win98se與音效卡的wdm版驅動相容性低劣,然而拜win2000與winxp之賜,wdm版驅動已經變成主流了 還好像creative之類的廠商會提供vxd版驅動,功能雖然差了些,總比改用wdm驅動出問題要好...

容易當機雖然是win98se的毛病,不過輕重也是因使用環境而異,畢竟每個人執行的程式或使用的硬體都不盡相同...有心的話,就算是winxp也禁不住玩家的摧殘 (還好現在有ghost可用,重灌系統變的輕鬆許多)

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話說回來,我常用的也是win98se
vga:x800pro
cpu:barton2800+
MB:xp333
(雖然也有a7n8x-e和ga-7s748-l,但是前者和win98se的相容性很差,尤其在搭配了nvidia的顯卡後更慘 ,至於後者也並不理想)
ram:1G ram
其它的卡:voodoo2,audigy2

以玩遊戲來說,只要ms願意出對應win98se的新版directx,win98se就可以撐下去吧