鬼理論本身其實也有一些難以解釋的地方：

1. 如果貓狗有靈魂，那牛羊豬有沒有靈魂？如果有，那什麼東西以下才沒有靈魂？細菌有沒有靈魂？病毒有沒有靈魂？

2. 大約四十億年前生命是由無生命開始的，那靈魂從什麼時候開始？一有生命就有靈魂？
　2.1 只要生命就有靈魂，那從遠古至今，豈不是有無數的靈魂在遊蕩？
　2.2 好吧，可以投胎轉世，那表示你下輩子變成病毒、細菌的機率非常大了，基本上你可以做一隻蟑螂就要偷笑了（想做狗？恐怕比連中三次大樂透還難！）。
　2.3 但麻煩又來，一開始的生命數目必定比現在還少很多，可見有一堆靈魂是被無中生出來的，那投胎轉世要怎麼轉？如果你投到一個已經自己生出靈魂的生命體該怎麼辦？

3. 好，其實太低等的生命是沒靈魂的。要到一個等級以上才能有靈魂。
　3.1 那「有靈魂」的等級要怎麼分？
　3.2 人類也是從低等生命進化來的，什麼時候開始「有靈魂」。
　3.3 如 2.3, 一開始的高等生命數目也是很少（至少比現在少得多），那你要怎樣才不會投到一個「沒自己生出靈魂」的生命體？