沒有辦法。
不只是 VirtualDubMod 沒有辦法做到，任何軟體都無法做到你的要求。
這是因為視訊壓縮的原理，是以 key-frame 為單位壓縮的，只有 key-frame 這個畫面是獨立壓縮，其他畫面都是要參考 key-frame 才能壓縮、解碼。
所以切割的時候，也要以 key-frame 為單位，以 key-frame 所在的那個畫面為開頭，不能從中間擷取任意的畫面，否則沒有這張開頭的 key-frame，後面的畫面根本無法解碼出來。
所以即使你指定想要的片段，VirtualDubMod 還是必須往前找，找到你指定範圍的，最靠近的那一張 key-frame，以這張 key-frame 為開頭做切割，所以最後切割出來，開頭就會多了一小段。
是 key-frame 的那一張畫面，VirtualDubMod 下方的訊息欄會顯示 [K] 這個符號。

如果一定要精確到以任意 frame 為單位作切割，直接切割是辦不到的，但是重新壓縮可以，如果你可以接受重新壓縮的處理的話，選取你要的範圍，然後選取壓縮的 Codec，將這一段範圍的影像另存一個 AVI 檔，這樣就可以做到 100% 的精確。