個人可推薦使用看看 FlashFXP ，顧名思義，這是一個FTP的連線軟體
但其中有個"比對目錄"的功能，可達到開題者的要求。

只要你使用FlashFXP時，先各自切換成本地磁碟，再將 local 及 target 各指向你要比對的目錄，再去點 比對資料夾 的指令就可以了！