照您的說明...
那就只能分開組RAID了,
這兩顆RAID晶片是不能合在一起用..
也就是只能兩組RAID,分別可組Raid 0,1,JBOD...硬碟數量各別為兩顆..
不可能組RAID 0+1,它的確要四顆
有的廠商也會閹割晶片的功能,
像我的主機板有內建一個Marvell 的SATA晶片,原本可支援8個SATA接頭,但廠商只做出4個...

兩個都內建,HD數量又相同的話
照理說VIA南橋本身的RAID會比較快
除非VIA南橋晶片設計不良..

不過您可以先買兩顆HD硬碟來測就知道了,應該不會損失什麼吧..只要多花點時間..
先組RAID 0,跑測試程式,
例如HD Tuch 3.0, 或winbench 99 V2.0 (只要測business disk這部份便行)
個人認為winbench測的比較準...TOM'S Hardware也是用這程式在測
如下圖所示..X軸是RAID容量,Y軸是傳輸速率
http://s91.tku.edu.tw/~491117049/hardware_test/37.gif
這程式要用GOOGLE找一下,大陸網站有得下載