"像這種 640*480 格式的檔案用 TMPGEnc Plus 2.5
轉成 mpg 檔時要如何設定畫面比例才正確呢?"

答案是所有Source都用1:1(VGA)就可以了
千萬不要去理會所謂 "ReSize的問題"....
天下本無事庸人自擾之 TMPGEnc自己會take care 這些東西的
這是我用TMPGEnc製作了數十部DVD的經驗 : )