kog781 兄：
是的，兩者是同領域的東西，都是檔案格式，資料的載體(container)。
優缺點，譬如說 overhead 的多寡（裝同樣的資料，需要多少額外記錄的附加資訊，overhead 越大，最後輸出的檔案就越大，所以 overhead 越大越不好），使用操作的便利性、彈性、功能性等等，小弟沒有仔細比較過，所以不清楚。
哪一種會有比較大的佔有率，目前用 MKV 的人比較多，未來我無法預測
MP4 可以做互動式的功能，這點 MKV 似乎無法做到。若是單純只裝視訊的資料，MKV 就已足夠。所以兩者也許可以共存，只是使用與運用上的方向不同。至於 MKV 會不會有硬體廠商支援，就要看它的普及化程度如何。
以上是一點淺見，我對 container 不熟.... ^^;