應該先釐清幾個事項：
1. 她是你的助理，做助理多久了？
2. 她懷孕了嗎？
3. 你曾經做過這種舉動嗎？

若是你們已經相處超過六個月，那你自己的助理應該了解你的為人，不可能錯認為性騷擾，所以可能的狀況是她迷信正巧又懷孕所以非常緊張不讓人碰她的肩膀。
誠如你所言這是第一次發生，我認為這樣的狀況應該是她要向你道歉或是解釋清楚吧！
若你們是新的部屬關係，那我會考慮要不要繼續雇用她，因為她的反應太過激烈，畢竟這是第一次發生，以前沒有，以後大概也不會有了，這樣的助理怎能將事情處理好呢？