1870年9月公佈了藩政改革綱要即《藩制》。其內容：一、精簡各藩的行政機構，選拔人才，淘汰冗員；二、取消封建武士的“知行地”(采邑)；三、改革祿制，把藩米産量的十分之一作爲知事的家祿，其餘按比額依次充當軍事費、行政費、士卒俸祿等；四、藩知事的家計和藩的財政分開；五、限制藩的自主權、實行祿制改革。

這種改革使士族不滿，以致激成暴動。1870年11月到1871年4月長州發生了反對新政府的暴動，政府動員四國、九州42藩的兵力鎮壓了暴動。當時一些小藩由於財政窮困和農民、市民的暴動，難以維持藩政，主動向政府申請廢藩。於是，岩倉具視、大久保利通和木戶孝允等決定採取統一國家的第二個步驟，即“廢藩置縣”。在廢藩置縣前，圍繞政府體制問題，明治政府的首腦之間發生了分歧。西鄉隆盛帶領大軍進京的目的是想通過廢藩置縣改組政府，建立代表士族利益的軍事封建專制制度。木戶、大久保請西鄉隆盛出馬，則是爲了把鹿兒島的軍隊改編成忠於政府的常備軍，以便廢藩置縣。兩者明顯分歧。儘管兩派對立，但在廢藩置縣上仍然意見一致。7月14日，木戶孝允等以天皇名義，把在京的76個藩知事召至宮中，宣讀廢藩置縣的詔書，強調：“值此更新之際，如欲內以保安億兆，外以與各國對峙，宜使名實相符；政令歸一”；“故今更廢藩爲縣，務除冗就簡，去有名無實之弊，無政令多歧之憂。”開始進行廢藩置縣的改革。這項改革的具體內容是：全國廢除260餘藩，劃爲1使3府302縣(同年11月合併爲3府72縣，1888年合併爲3府42縣)；免去藩知事的官職，由中央政府任命府知事和縣令。並命令藩知事離原有領地遷至東京居住即所謂“定居葷下”。府縣之下設小區、大區，大小區之下有鎮、村。大區設區長，小區設戶長、副戶長，廢除過去的莊屋(名主)等名稱。區成了中央政府統治下的行政單位。1872年編制了戶籍。政府對舊藩主給予“華族”特權身份的稱號，發給舊藩主和藩士以家祿，承擔了各藩的內外債7，813萬餘日元，並接收各藩的紙幣2，493萬餘日元。1873年發行《新舊公債證書條例》，將舊藩債務全部變成政府的公債。廢藩置縣的成功，標誌推翻封建制度的日本資產階級革命基本完成，爲建立一個中央集權國家和發展資本主義經濟奠定基礎。