整個母體 Matrix系列說的好像基本上就是祭司 Oracle這一人類拯救計畫的執行過程。這一代的駭客代表人物墨菲斯 Morphius和崔妮蒂 Trinity等人找到了這一代的救世主載體尼歐 Neo。尼歐 Neo在歷盡磨難後終於變成了救世主（其實是必然的），他同時也愛上了崔妮蒂 Trinity（其實祭司 Oracle早就告訴崔妮蒂 Trinity了，這根本就是祭司 Oracle安排的 — 我們經常說的“造化弄人”實際上是不是腦子裡被寫進了一個程式呢？）。（第一集）

Smith在被尼歐 Neo幹掉之後也順理成章地成了非法程式，能力開始成長（複製能力）。然後尼歐 Neo他們又從非法程式的精神領袖那裡搶來了知道如何進入代碼之源 (Source)的程式。從這個精神領袖的話中得知，似乎每一代救世主都要找他麻煩，似乎這也是母體之父的安排。墨菲斯 Morphius他們在得到尼歐 Neo後變得越來越神勇，原來見到Agent像耗子見了貓似的，但這時已經不怎麼害怕了，還能和他們過幾招。後來尼歐 Neo終於見到母體之父，崔妮蒂 Trinity也 “很及時地”遇到危險，得知救世主真相後的尼歐 Neo為了救心上人還是棄全人類不顧，毅然決然救了崔妮蒂 Trinity，回到現實。得知真相的墨菲斯 Morphius也備受打擊，從此光采盡失。這時尼歐 Neo突然有了在現實中擊毀電子章魚的能力，當然，用了一次就暈了。（《駭客任務》２《重裝任務》）

這時，有複製能力的史密斯 Smith居然複製到了一個錫安 Zion的人類身上還把人類的飛船都破壞了。這些飛船上有人類最厲害的武器 — 電磁波槍EMP。這時只剩下配合尼歐 Neo他們行動的兩艘飛船了。一艘返回錫安 Zion去支援那裡只用非常簡陋的機器人和電子章魚拼命的人類軍隊。另一艘載著尼歐 Neo和崔妮蒂 Trinity去０１城市見機器的老大 — 機器大帝。途中遭被史密斯 Smith複製的那個人的突襲，打鬥中尼歐 Neo雙眼被弄瞎，但他在現實中感知和摧毀代碼的能力卻完全覺醒了，其實這是因為在《駭客任務》２《重裝任務》結束時，尼歐 Neo接觸了母體 Matrix的最高管理程式 —母體之父而成長了，他原來只能在母體 Matrix中感知代碼，現在由於學習，他也能在現實中感知代碼了，原來必須接觸母體 Matrix，現在可以遠端感知了（所以尼歐 Neo在現實中有超能力根本不是說錫安 Zion也是虛擬世界，只不過是尼歐 Neo的能力從插卡式進化到遙控式罷了，他在現實中的超能力還是僅限於代碼的）。他們幹掉了這個史密斯 Smith，終於闖進了０１城市，但崔妮蒂 Trinity犧牲了。這時，母體 Matrix中的史密斯 Smith果然已經如祭司 Oracle預期的那樣幾乎把整個母體 Matrix裡的人和程式都複製成他自己了，包括祭司 Oracle自己在內（至於為什麼史密斯 Smith吸收了祭司 Oracle之後還是不知道這是祭司 Oracle的計畫，這可能是因為祭司 Oracle這個程式即使被吸收也還是有保護代碼，史密斯 Smith無法完全破解 — 只能這樣理解了，不然我的文章就白寫了）。尼歐 Neo和機器大帝達成協定，進入母體 Matrix消滅Smith，換取人類和機器的和平，機器大帝同意了。結果尼歐 Neo和Smith在無數Smith的注目下決戰，尼歐 Neo當然打不過Smith了，但是最後Smith同化尼歐 Neo時，尼歐 Neo釋放自己的代碼，和Smith同歸於盡了。這時，所有被史密斯 Smith同化的人都恢復原狀，而和尼歐 Neo的決鬥的那個Smith恢復成了祭司 Oracle（這很容易理解，因為吸收了祭司 Oracle的史密斯 Smith顯然是所有史密斯 Smith中最強的，所以代表無數史密斯 Smith和尼歐 Neo決鬥的就是祭司 Oracle同化成的史密斯 Smith，從躺在地上的祭司 Oracle嘴角含笑來看，祭司 Oracle在被史密斯 Smith吸收後應該是還有自我意識的，她知道自己的計畫終於實現了）。這時，進攻錫安 Zion的機器大軍也撤退了。第二天，祭司 Oracle和母體之父碰面，母體之父承諾遵守諾言，不再迫害那些覺醒的人類，從此人類可以在母體 Matrix和錫安 Zion之間自由選擇。母體 Matrix裡第一次升起了不帶綠色的朝陽，地球成了一個人類和機器、０１城市和錫安 Zion、覺醒的人類和母體 Matrix中的人類、合法程式和非法程式共存的和諧世界。革命成功了！（《駭客任務》３《最終戰役》）