繼續說情節 —— 一開始，這個母體之父的腦袋似乎只有一根筋，它設計的母體 Matrix裡的所有東西都是可計算的，就是在數學上是完美的，人類也必須在這個完美的數學模型中運行，但顯然人類不是這樣，人類的怪點子太多了，所以第一代母體 Matrix崩潰了。他不死心，還以為這是因為人類不適應新環境，所以又以人類歷史為背景重寫了母體 Matrix，但這一代母體 Matrix又失敗了。最高管理程式（或者是母體之父）於是只好又編了一個研究人類心理的超級程式—它就是祭司 Oracle。在她的提示下，母體之父的腦筋開始有點會轉彎了。他讓母體 Matrix裡的人類開始有選擇，這樣母體 Matrix就更接近現實世界了，但是這個母體 Matrix還是有問題，主要是兩個：一是人類中總有1％的人不那麼老實，他們總覺得母體 Matrix不是真的，如果把他們悶壞了，母體 Matrix還是會崩潰；一是由於母體 Matrix系統的不斷改進，一些舊的程式會不時被刪除，但總有那麼一些程式不想被刪，它們就在母體 Matrix裡躲起來（那個法國人就是這類程式中的佼佼者），成為非法程式，這種程式總刪不掉的話，母體 Matrix也有崩潰的危險。為瞭解決這兩個問題，母體之父想到了一個一舉兩得的辦法：一方面，他讓那1％不太老實的人覺醒，從母體 Matrix中脫離，讓他們在現實世界的地底造一座叫錫安 Zion的城市，成為母體 Matrix的駭客，進行抵抗運動，實際上這是完全在母體之父的控制之下的，這只是一種迂回的控制，因為如果把這些人強行壓制在母體 Matrix裡反而對母體 Matrix不利；另一方面，母體之父集合他能找到的所有非法程式的原始代碼（應該是原始代碼，因為如果母體之父直接知道非法程式的代碼，那它直接刪就行了）編寫一個叫做“救世主”的程式（代碼），這個程式顯然可以發展成非法程式的最終形式，這個程式被植入母體 Matrix的某個人類的精神中（到底怎麼選中這麼一個人的，電影裡沒說），那麼這個人就成為救世主，之所以叫他救世主是因為它的一個作用就是它是那些錫安 Zion中覺醒的人類的“救世主”，因為每到錫安 Zion的力量強到開始對機器產生威脅時，駭客們就會遇到祭司 Oracle（這也是母體之父的安排），祭司 Oracle會告訴他們尋找救世主，說救世主能幫助他們打敗機器，救世主被找到後不久，也就正好是它的超能力覺醒的時候，這其實是他身上的那些非法程式的代碼終於成熟了，這樣，又在祭司 Oracle的指引下，駭客們和救世主來到母體 Matrix的代碼之源 (Source)，救世主見到母體之父，得知真相後，救世主不得不帶著身上的非法程式碼、按母體之父的吩咐返回代碼之源 (Source)，讓母體 Matrix的代碼庫升級，母體 Matrix並在此基礎上升級重載 (Reload)，重載 (Reload)後的母體 Matrix就能對付原來那些非法程式了（救世主這一身份只不過是為他的歸還代碼找個理由罷了）。在救世主見母體之父時，機器軍隊也在毀滅錫安 Zion，救世主完成他的“升級代碼庫”的任務後還有一項任務就是從母體 Matrix中選23個男男女女重建已毀滅的錫安 Zion，當然，也許是幾代之後，這23個人的後代們又會在祭司 Oracle的指引下去尋找新的救世主。可悲的是，救世主往往只能選這一條路，因為如果他不這麼選擇，母體之父就會毀滅全人類。這裡順便說一下，救世主到底是人還是程式？其實，母體 Matrix裡的程式和人的精神（靈魂）的差別已經很小了，像《駭客任務》３《最終戰役》的印度人都有了人類的愛情和親情，他們的不同可能僅僅是載體不同而已，程式的載體是晶片，靈魂的載體是人腦。所以，程式和靈魂是可以結合的。救世主其實就是以人腦為載體的人本身的精神和“救世主代碼”的結合體。精神和代碼已經不分了。