我也來預測一下好了:
在第一集中導演純粹表達電腦及AI(人工智慧)對人類未來的假想結局.人類只有在虛擬世界纔能靠救世主一對一的英勇取勝.現實世界中,人類是很脆弱的,打不過烏賊,更別說靠近母體了.
在第二集中,人類更形脆弱,錫安隨時滅亡,電腦更強大了,能靠著在虛擬世界中"鬼上身"的方式形成多對一的戰鬥打法.
在第三集中,戰線將延伸到實體世界中,原本只有隸屬於虛擬世界中的電腦人也可上身到現實世界,原本只在虛擬世界具超能力的NEO也即將在現實世界中展現不合科學的超能力.簡直是上了身的乩童大戰自修發功的茅山道士.

另外,母體本身就是一套具備AI智慧的超級電腦,型式也可能像是叢集電腦一樣.
母體是由具備AI的電腦串連一起不斷進化而成的.
所謂的母體之父,說穿了是一套具備AI的OS作業系統.和目前我們所熟知的OS不同之處在於它因具備IA所以可以自行發展出任何一個程式.每個在虛擬世界中人的所做所為無非都是UNDER在OS下所寫的程式執行結果而已!並遵循一定的因果律.
因此每個在虛擬世界的人都逃不過造物者(母體之父,OS)的算計之中.
祭司其性質相當於檔案總管或檔案登錄器之類的程式,原本就可監看每一個檔案及程式,故可知KEY所在位置以及每個人的未來,故稱之為母體之母,也難怪之父有點不屑母體之母,因層級不同之故.
無論母體之父(造物者)及母體之母(祭司)皆是存在於母體硬體之中的一種軟體而已,
只是層級高低不同.當然NEO等人進入母體之後也是依循某種PROGRAM在RUN."之父之母"的意思並非是這些東東創造了母體,而是指母體若沒了這些東東就難以成立.

所謂之前有數代救世主的說法,完全是AI系統電腦模擬的結果,實際上NEO及錫安還是一直存在於現實世界中.只不過AI還沒有辦法進化模擬以及在"大愛"及"小愛"中做抉擇,這也是母體最後被擊敗的關鍵.千算萬算終不如人之真誠一念.

母體之父及祭司本身皆無善惡之別,反倒是SMITH是母體為保護自己發展出的角色,
在第三集終進化到可以上身到真實世界中的人類,倒像是具備了靈異能力.
這一次,NEO雖然受惠於超能力(能力同樣來自造物者修正程式結果),但卻不像之前二集那麼神勇,反而一票人被SMITH"們"打到幾乎快無招架之力.但最後造物者終於明瞭母體AI無法完全模擬NEO人類真心的一面,而真實世界中的NEO超能力也因為愛人死去而發揮到前所未有的地步,一舉擊潰SMITH們.同時瞬間所有烏賊自爆,所有人類也被母體自動解放出來.