小弟的淺見.....

[第三集的劇情大猜測]
1.烏賊大軍攻入錫安，人類奮勇抵抗中......
2.母體被史密斯這個類似病毒大量複製的程式佔據，母體本身已岌岌可危....
3.因母體受傷害、人類的奮戰和尼歐的幫助，烏賊大軍無法順利攻下錫安，人類沒有滅亡...
4.尼歐與母體達成共識或交換條件，或因其他因素必須與史密斯作最後的決戰...
5.打贏史密斯後，人類與近癱瘓的母體一同創造新世界....或是母體已毀，人類創造新世界...

[特異的思考]
1.以系統管理者的概念，尼歐是電腦主機、造物者做出來的Function，他的管理階層可能只於造物者之下，所以他能在母體中任意作改變，並作出超人般的動作，而且凌駕於其他變種的程式(Twin、Smith等)，這也可能是病毒史密斯沒辦法在他身上作複製的原因，而他能破壞烏賊應該也可能是因為烏賊是位於較低等的權限，尼歐這個較高階層的管理者能做他想做的...
2.機器與人類兩個世界的存亡掌握在史密斯或尼歐當中之勝利者的手上，因母體被大量史密斯佔據，母體控制不住；而史密斯又曾經被尼歐穿過，複製或繼承了The One這個Function的部分功能而進入真實人類世界中...進而史密斯可能掌握了兩個世界的生殺大權...

瞎猜一通...請見諒.....