理論上是這樣........但是

假設:10萬個 1~2k的小檔案.
1cluster佔4K............那是0.4GB
1cluster佔32K..........那是3.2GB
也只不過差了 2.8GB.以現在80~100GB的HD來說.
真的沒差多少.
其實 你分成多個硬碟........不會每個都塞滿吧.
你閒置浪費的 恐怕都比這個多了.

分成多個邏輯磁碟機 從管理方便為出發點就好了.
不用太在意 哪種格式會浪費空間.

另外. 每款HD 在FAT32 NTFS 的效率高低 都不一樣.
(尤其是這2年出的HD)
很難說是FAT32比較快 或是NTFS比較快.