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Golden Member
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之後不久，Yuna徹底消滅了sin，新的時代來臨了。托萊馬發起了真實運動，號召人們從各地埋藏著的晶球中尋找斯皮拉大陸真實的歷史，晶球獵人這一職業也應運而生。可是好景不長，托萊馬成立了新艾本黨，企圖獨佔找到的晶球。由於他的行為和過去的寺院類似而遭到人們的反對，奴基借機成立了青年同盟和新艾本黨對抗。當然，他的真實目的是為了在貝貝魯地下長眠的維魯根。同時巴萊萊利用托萊馬的自私自利，在新艾本黨內部發起了一場鬥爭，把托萊馬趕下了台而成為新艾本党新的領袖。基普魯成為了機械派的領袖，致力於在沙漠中挖掘古代的機械。Paine則為了找出當年的真相而加入了海鷗團，成為了一個晶球獵人。
一個偶然的機會，基馬里找到了修因被關在監獄裏時拍的晶球。由於修因和Tidus的相似，基馬里認為這是Tidus的消息而托Rikku轉交Yuna。雖然不知道這真的是他還是只是某個相似的人，但為了再次和愛人相會，為了這僅有的希望。Yuna決定拋開一切，開始一次僅僅只是為了自己的嶄新的旅行。Yuna加入了Rikku她們的海鷗團，在那裏和Paine相識。
在旅行的過程中，Yuna得到了蓮留下的服裝晶球，由於換裝盤的神秘力量，蓮的情感感染到了Yuna，Yuna開始瞭解到那一段埋沒的歷史，體會到蓮對修因的感情。與此同時，在斯皮拉大陸各地的旅行使Yuna不時的回憶起Tidus，回憶起2年前一起旅行時的點點滴滴。
從各地找到的晶球中，Yuna得知了維魯根的存在，她決心到貝貝魯去找出真相並杜絕這一對斯皮拉大陸的威脅。由於瞭解維魯根會對於敵意自動反擊的特性，巴萊萊試圖阻止Yuna她們。可誰也不知道的是，修因的怨念控制著奴基利用這個機會再次潛入了貝貝魯，並利用維魯根的巨大力量將它藏到了異界的核心處。
在Yuna的幫助下結束了永恆的召喚的宿命的祈禱之子們感覺到了巨大的危險，他們試圖去阻止修因的怨念，可修因的怨念太強大了。祈禱之子們也被感染，成為了魔物一樣的存在。
奴基，巴萊萊，基普魯三人為了解決維魯根的威脅而在2年後再次聚首，可當年的槍擊事件使他們相互仇恨，這給了修因的怨念可乘之機，他專為控制了更為健康的巴萊萊。三個人分別為了阻止和啟動維魯根的目的而進入了異界。
這時，地面上的Yuna為了解決在各地出現的魔物的威脅而四處奔波。偶然的機會下她也進入了異界，遇到了被修因的怨念控制的巴萊萊。由於Yuna身上的歌手的服裝球，修因的怨念誤認Yuna是蓮，他要求蓮和他一起去毀滅斯皮拉大陸，和他一起再次進入長眠。奴基他們喚醒了被迷惑的Yuna，把地上的事拜託給她之後就走向異界的核心。在迷茫中，Yuna仿佛聽到了Tidus的口哨，看到了Tidus的幻影把她帶出異界。
這時的地上，各大組織由於失去了強有力的領導人而亂成一團，為了團結人心，消彌敵視，Yuna決心舉辦一場演唱會。在演唱會的過程中，人們親眼看到了千年前由於戰爭而產生的那場悲劇。人們開始反思所發生的一切。
演唱會會後的Yuna她們收到了來自異界的消息，知道了一切的根源在那裏的Yuna決心再次進入異界以解決這一切。一路上她們擊敗了過去的眾多戰友—召喚獸，從修因的怨念中擺脫的祈禱之子告訴Yuna那只是修因的影子，是修因的怨念和悲傷的集合。Yuna決心用光，也就是蓮對修因的愛去消除影子。
經過艱苦的戰鬥，修因的怨念終於在蓮的愛意中消除了。又一次拯救了斯皮拉大陸的Yuna再次遇到了祈禱之子，當瞭解到Yuna對Tidus思念後，祈禱之子答應盡力一試，讓Tidus重回Yuna的身旁。
消除了誤會的3巨頭再次握手，號召人們為了斯皮拉大陸的未來共同努力。而Yuna，這個又一次給斯皮拉大陸帶來和平的人卻沒有出現在慶祝大會上，她讓3巨頭帶話給斯皮拉大陸的每個人:”我將在某處的天空中快樂的過著每一天”。
……
在Yuna和Tidus初次見面的某處的海底，Tidus慢慢地游向海面，遠處的天空中，海鷗團的飛空艇正急駛而來……
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